纵然帝皇龙甲兽一直被黑，但他的实力之强毋庸置疑，送走三角龙兽之后，他就开始全日本的寻找数码兽之旅，龙形态的速度几乎堪比瞬移，眨眼之间便到了下一个位置。
对于散落在各地的数码兽，无论完全体还是成熟期，帝皇龙甲兽总是一巴掌拍到它们怀疑人生，然后抓起来，塞进数码大门里。
简单粗暴，行云流水！
这就是究极体的实力！究极体的底蕴！有力量就是可以为所欲为！
帝皇龙甲兽此刻终于明白了当初黑暗战斗暴龙兽面对机甲龙兽等三只完全体的心情，这种类似于欺负小学生的感觉真的好——爽！
由于只有新型的d3暴龙机才能直接打开数码大门，于是一代、二代共11个孩子被分别到六个不同的地方，与全世界被选中的孩子合作一起将迷失的数码兽送回数码世界。
中途发生的一些趣事在此就不一一赘述，总而言之就在帝皇龙甲兽那超越六十马赫的飞行速度下，波及全世界范围的数码兽危机，在半天之内就被解除了。
孩子们完成任务，世界又又又又恢复了和平，他们回到各自的家中与家人团聚，可是他们不知道的是，真正的危机才刚刚降临！
来到人类世界的不止是迷路的数码兽，还有抱着某些目的来的，这并非指的是亚基利兽等人，而是另一个更为可怕、强大的黑暗势力——究极魔兽军团。
究极魔兽军团，为首的是究极魔兽，还有三个黑暗系数码兽部下——丧尸撒旦兽、海魔兽、妖女兽。
……
这天夜里，拯救了世界之后的一乘寺贤回到家中，忽然看到窗外一道黑影掠过。
“亚基利兽？”
与虫虫兽共同奋战到现在，一乘寺贤对于亚基利兽已经不再畏惧，便没去在意窗外那道一闪而过的黑影，与父母说了一声晚安后，一乘寺贤便带着虫虫兽回到被窝里，没多久便陷入睡梦。
他做了一个梦。
梦见了一只和基米拉兽很相似的数码兽，背上有一对机械邪龙兽的无限大炮——千年兽，梦里的他的身边还有一个十来岁的男孩——秋山辽。千年兽消失之前向秋山辽扔出了一些黑色的种子，一乘寺贤为了保护秋山辽被黑色的种子附体。
“啊——！”
一乘寺贤从噩梦中惊醒，他脑子里多了些碎片化的记忆，那是他两年前去数码世界冒险时留下的记忆，但在此之前他却完全不记得。
也是在那次冒险之后，他的哥哥意外死亡，他再度进入数码世界时误入黑暗之海，在黑暗之海的浸泡下，他的神圣计划变成了d3暴龙机。
那是数码世界第一台d3暴龙机，是之后出现的所有d3暴龙机的原型。
惊醒之后，一乘寺贤就再也睡不着了，走到客厅开启电视看新闻，就听到新闻报导上说有些孩子下落不明，疑似被绑架了。
本来这种绑架小孩子的新闻和一乘寺贤没多大关系，毕竟他没被绑架，而且也没去绑架别人，可是看到这个新闻的时候，他心里却极度不安。
“吼！”
另一边，究极魔兽军团开始在人类世界作乱了，海魔兽躲藏在河水里，给在游轮上举行婚礼的一对新人一个巨大的惊吓。