对于军队里的改革，这些东林党人自然是不吭声的，因为他们也明白自己插不上嘴，太子殿下绝不会允许他们在军事上多说什么的。
但是对于中央机构的改革，这些人有颇多的怨言，很多人都纷纷上奏本，希望太子殿下不要破坏祖宗的制度，但是这些作文本基本上都没有任何的批语，久而久之的这些人也明白了，太子殿下只要是不谈什么问题的时候，就把你们的奏本留下，让你们自己慢慢的忘记。
其实有些聪明人根本就不玩儿这个了，听听南京城周围的这些爆炸的声音，难道你们这些家伙还不开窍吗？太子殿下是个明君，并没有进行血洗，如果要是换了其他的皇帝的话，一朝天子一朝臣，就你们这些前朝的大臣，老早就被杀干净了，不老老实实的在自己家里呆着，还要对太子殿下的政策指手画脚的，这纯粹就是找死。
军机处成立之后，送上的第1份奏报就是关于李自成的，在得到了朱慈烺这边的支持之后，李自成在潼关顶住了清军的进攻，虽然手下的军队损失惨重，但毕竟没有让满清人突破潼关，也算是让朱慈烺松了一口气，一旦要是攻破了潼关，满清军队很有可能就要兵临城下，西安城也就守不住了，这就跟历史上的时候一样，李自成在城破之后就要转战湖广。
朱慈烺给军机处的第1份命令，也是让他们把下个月的粮食加倍，李自成肯定会在周围征兵的，如果要让这些新兵吃不饱饭，那么征兵工作也就白做了，下面的很多大臣得到这个消息之后，他们非但不同意朱慈烺增加粮食的事情，甚至希望朱慈烺坐山观虎斗，趁着这个机会让满清人灭掉李自成。
对于他们这一类人，朱慈烺直接就让他们滚蛋了，你们那个眼光简直是鼠目寸光，在这种状态下，满清军队不断的取得胜利，一旦要是李自成倒下去，借着大胜之威，满清军队肯定会继续南下，咱们的军队还没有完成三个月的新兵训练，如何能够抵挡得住呢？虽然胡强他们三人的军队已经颇有战斗力，但是难道咱们只防守南京吗？江南其他地方都不要了吗？
况且根据朱慈烺的计划，长江以南是绝对不能够成为交战区的，这一地区的老百姓生活得还不错，以后北方想要恢复生产的话，还得从江南地区调动大量的物资过去，所以这一地区绝不能够乱，就算是要跟满清打仗的话，那也得在满清的地盘上才行。
李自成得到了这批粮食之后，手下的军队又进行了一次扩张，这才算是站稳了脚跟，比原来的时候稍微好了一点。
不过根据李自成的消息，他们面前的满清军队并没有什么变化，也没有从京城那边过来的援军，当接到这个消息的时候，朱慈烺就开始紧张了，要知道满清人在江南也是有探子的，一旦他们知道江南这里发展如此之快，他们肯定会先放下李子成，然后提前进军江南的。